Tokyo, với vai trò là trung tâm của vùng đại đô thị Tokyo, là trung tâm giao thông nội địa và quốc tế lớn nhất Nhật Bản với hệ thống giao thông đường sắt, đường bộ và đường không phát triển hiện đại. Giao thông công cộng trong Tokyo bao gồm chủ yếu là hệ thống xe lửa và tàu điện ngầm bao quát được quản lý bởi nhiều nhà điều hành [32]. Xe buýt, xe lửa một ray và xe điện cũng đóng vai trò quan trọng trong việc lưu chuyển tại thành phố.

Do hậu quả của chiến tranh thế giới thứ hai, máy bay Nhật Bản bị cấm bay qua Tokyo. Do đó, Nhật Bản đã xây dựng các sân bay bên ngoài Tokyo. Tại Ōta, một trong 23 khu đặc biệt của Tokyo, sân bay quốc tế Tokyo (Haneda) phục vụ những chuyến bay nội địa. Ngoài Tokyo, sân bay quốc tế Narita nằm ở tỉnh Chiba, là nơi đón khách quốc tế. Hãng hàng không Nhật Bản Japan Airlines, cũng như All Nippon Airways có một chi nhánh tại sân bay này.

Nhiều đảo ở Tokyo cũng có sân bay như Hachijōjima (sân bay Hachijojima), Miyakejima (sân bay Miyakejima) và Izu Ōshima (sân bay Oshima) có những chuyến bay tới các sân bay ở Tokyo và quốc tế.

Đường sắt là loại hình giao thông chủ yếu ở Tokyo, Tokyo có hệ thống đường sắt đô thị lớn nhất thế giới. Công ty đường sắt Đông Nhật Bản điều hành hệ thống đường sắt lớn nhất của Tokyo, bao gồm đường ray Yamanote chạy quanh khu trung tâm thương mại của Tokyo. Hai tổ chức khác điều hành hệ thống tàu điện ngầm gồm: công ty tư nhân Tokyo Metro và Cục giao thông đô thị Tokyo thuộc chính phủ. Những hãng vận tải tư nhân và nhà nước điều hành các tuyến xe buýt, bao gồm các dịch vụ địa phương, vùng và trong nước.

Hệ thống đường cao tốc nối thủ đô tới các điểm khác trong vùng đại Tokyo, vùng Kantō và các đảo Kyūshū và Shikoku. Để xây dựng chúng nhanh chóng trước Thế vận hội Mùa hè 1964, hầu hết được xây dựng trên các con đường hiện có. Những phương tiện giao thông khác bao gồm taxi hoạt động tại các khu đặc biệt, thành phố và thôn. Những bến phà đường dài cũng phục vụ tại các đảo của Tokyo và chuyên chở hành khách và hàng hóa tới các cảng trong nước và quốc tế.